Censo de microbioma intestinal mejora con la bioinformática

Sofisticadas técnicas computacionales permiten analizar muestras de gen de todas las bacterias en el intestino a la vez para tomar un censo de las especies presentes.

En los últimos años los científicos han demostrado que los microbios que viven en nuestros intestinos desempeñan un papel crucial en nuestras vidas. Están involucrados en la digestión, obesidad, incluso estado de ánimo. Y algunos pueden causar enfermedades graves. Así que sería una buena idea conocer las identidades de las bacterias dentro de nosotros. Y sin embargo, esa información ha sido incompleta.

Pero ahora los investigadores han desarrollado una técnica para obtener un mejor censo de la microbioma intestinal. Y usando el nuevo sistema, los investigadores han encontrado que los microorganismos son aún más diversas que sabíamos. El informe es en el diario naturaleza biotecnología. [Volodymyr Kuleshov et al, Synthetic long-read sequencing reveals intraspecies diversity in the human microbiome]

Actualmente, los investigadores analizan diversidad microbiana tomando una muestra que esperan incluye los diferentes tipos de bacterias en el intestino. Entonces tratan de identificar las diferentes especies mirando sus genomas. Pero sólo pueden hacer que segunda mano, tratando de juntar muchos fragmentos cortos de ADN, que puede ser confuso e inadecuado cuando se trata con numerosos tipos de bacterias.

Así los genetistas de la Universidad de Stanford tiene junto con científicos de la computación con un nuevo enfoque. Utilizaron técnicas computacionales sofisticadas que les permitieron analizar tramos mucho más largos de ADN — que incluyó muchos genes que se perdió con el más viejo sistema. Por ejemplo, cuando probaron el microbioma intestinal de un humano varón sano la vieja manera, encontraron 127 especies diferentes. El nuevo método aplicado a la misma muestra reveló la presencia de 51 especies.

El nuevo enfoque podría ser particularmente importante para la identificación y comprensión de microbios causantes de enfermedades. “Cuando se monta el genoma entero, tienes una buena idea de qué genes patógenos están presentes”. Michael Snyder, uno de los investigadores del estudio. “Así que creemos que esta tecnología va a ser extremadamente potente para comprender la base genética de la patogenesia”.

Por ejemplo, que las cepas benignas puerto de bacteria e. coli. Pero otras cepas pueden ser tóxicas o incluso mortales, y pueden ser difíciles de investigar porque no crecen fácilmente en el laboratorio. El nuevo enfoque podría mirar directamente a los genes de la cepa tóxica para ver cómo funciona. “Y por supuesto esto será realmente de gran alcance entonces para el tratamiento de seres humanos en cuanto a qué genes patógenos pueden estar presentes en los microorganismos que albergan.

Scientificamerican.com

2016-03-14T15:17:31+00:00